LibriLinks in PubMed en EMBASE

We hebben het al veel eerder aangekondigd maar vanaf deze week hebben we in PubMed de definitieve overgang gemaakt van de blauwe LinkOut knoppen naar de LibriLinks knoppen. Met andere woorden vanaf nu zal men geen blauwe knoppen meer zien (voor de fulltext) maar zal u steeds een beroep moeten doen op de LibriLinks knoppen. Deze knoppen -  – zullen standaard op elke referentie verschijnen (rechtsboven).

Een tweetal weken geleden is het menu in LibriLinks overigens van look and feel verandert. Het ziet er nu zo uit: 

Sinds een week is LibriLinks ook geïmplementeerd in Embase.com. Enkel als u via het K.U.Leuven Netwerk surft, zal u de knoppen ook daar kunnen zien en gebruiken.

Read Full Post »

PubMed ‘Advanced Search (beta)’

In PubMed is er vorig weekend een belangrijke wijziging doorgevoerd. Men kan nu zoeken in een nieuw uitgebreid zoekscherm ‘Advanced Search (Beta)’.

 

Onder de nieuwe zoekbalk vindt u 4 secties:

• PubMed Search History – uw recente zoekgeschiedenis. De laatste 5 zoekacties worden standaard getoond (screenshot 1).
• Search by Author, Journal, Publication Date, and more – hiermee kan u op specifieke velden zoeken (ook MeSH of subheadings) en deze combineren (AND, OR). Merk op dat er bij het invoeren van een tijdschrifttitel of een auteur ook automatische aanvulling voorhanden is en dat er indexen aanwezig zijn (klik hiervoor op het index-icoon ). Men kan overigens altijd nieuwe zoekvelden toevoegen (screenshot 2).
• Limit by Topics, Languages, and Journal Groups – de gekende methode om een zoekactie in te perken (publicatiedatum staat wel in de bovenvermelde sectie!). Let op: hier kan u vanaf nu ook opteren om de limits voor één zoekacties of voor alle (volgende) zoekacties te laten gelden. Maak gebruik van het slot-icoontje  (aan- of uitvinken) (screenshot 3).
• Index of Fields and Field Values – bladeren doorheen de verschillende indexen van PubMedrecords (screenshot 4).

Alle deze secties staan standaard open. U kan ze heel eenvoudig sluiten (minimaliseren) of openen met het +/- teken links boven elke sectie.

Meer informatie en screenshots vindt u in het NLM technical bulletin.

Ook nieuw is dat er bij PubMed referenties naast de ‘Related Articles’  (en ‘Patient Drug Information’) nu soms ook ’Related Reviews’ zal vermeld worden. Deze nieuwe functionaliteit wordt momenteel met mondjesmaat getoond. Meer info.

Tot slot nog een weetje: momenteel (20 mei 2008) zijn er in PubMed 8.435.309 records (uit een totaal van meer dan 17 miljoen) gelinkt aan een fulltext toegang (KULeuven heeft toegang tot een beperkt deel hiervan). Van deze 8 miljoen records is de fulltext voor 2.358.255 records vrij toegankelijk voor iedereen (dat is dus al ruim over het kwart!).  

Read Full Post »

PubGet

De onvolprezen medisch bibliothecaris en blogger David Rothman houdt al langer lijstjes bij van alternatieve zoekinterfaces of – zoals hij het dikwijls omschrijft - third party tools om PubMed te doorzoeken. De jongste telg in het rijtje heet PubGet en het moet gezegd… deze manier van zoeken heeft wel iets. Met één zoekactie worden er tegelijkertijd een tiental pdf-bestanden van de full text bij elkaar gesprokkeld en onmiddellijk geopend (tenminste als de instelling toegang heeft tot de volledige artikels). Het bespaart de gebruiker heel wat tijd.

Hoe het in zijn werk gaat kan u zien op volgende video:

Probeer eens één van hun voorbeelden: nik gene cluster. Het is alleszins duidelijk dat dit een veelbelovende ontwikkeling is en zeker handig voor ongeduldige PubMed gebruikers die vlug enkele full text artikels willen raadplegen, zonder teveel bekommernissen (zoals volledigheid enzomeer).

Wilt u eens andere pubmed interfaces uitproberen dan heeft u ook een handig overzicht op de webpagina van Margaret Henderson (VCU Libraries). Het overzicht bestaat ook in postervorm (Pdf) met wat uitleg in een Word-document.

Read Full Post »

PubMed nieuws

In het kort willen we hierbij enkele recente wijzigingen en nieuwigheden over PubMed meedelen:

• LibriLinks in PubMed
  Sinds enige tijd verschijnt er bij elke referentie in PubMed nu ook een LibriLinks knop van de Universiteitsbibliotheek, naast de reeds gekende blauwe linkout knoppen (MGAS online en/of MGAS on paper). Deze nieuwe knop zal op elke referentie in PubMed verschijnen. Als er geen linkout-knoppen verschijnen, dan zal de LibriLinks-knop standaard bovenaan rechts verschijnen, in het andere geval, onder het abstract.

De voordelen van deze LibriLinks knoppen zijn meervoudig:
- men kan de fulltext toegang tot het artikel controleren (klik dan eventueel nog op ‘GO’)
- men kan het bezit van de papieren titel nagaan met de LIBIS catalogus voor de hele K.U.Leuven en LIBIS-Net (dus ook niet-biomedische bibliotheken)
- men kan ook informatie over bezit van de tijdschrifttitel opsporen in de Collectieve Catalogus van Periodieken in België, Antilope (met dus o.m. informatie van Belgische universiteiten en hogescholen)
- als u ook nog op ‘meer’ klikt dan zal u nog meer mogelijkheden ontwaren zoals het verder zoeken in Web of Science, Google Scholar, enz.

Het is de bedoeling om LibriLinks in toekomst definitief als standaard knoppen te gebruiken voor de fulltext toegang. De blauwe linkout knoppen zullen na 1 juni 15 juli definitief verwijderd worden.
Noot: Heeft u in PubMed reeds een eigen MyNCBI account? U kan de LibriLinks-knoppen dan heel gemakkelijk koppelen aan uw eigen account. Gebruik hiervoor de link ‘Outside Tool’ bij de opties (linkermarge) en kies ‘K.U.Leuven LibriLinks’ uit de uitgebreide lijst.

• Patient Drug Information
  Sinds 29 januari wordt er (voor iedereen) bij 2 miljoen citaties in het AbstractPlus formaat (zie onderstaande figuur) – naast de Related Articles – ook extra informatie gegeven onder de noemer Patient Drug Information. Deze informatie zal verschijnen wanneer u de naam van een geneesmiddel heeft ingetikt dat door PubMed wordt omgezet naar de juiste termen. Bijvoorbeeld “albuterol”[MeSH Terms] OR albuterol[Text Word] zal u links opleveren die doorverwijzen naar het geneesmiddel (en evt. de merknaam) in het online boek MedMaster Patient Drug Information (ook te vinden in NCBI Bookshelf).
  Meer informatie vindt u in het NLM Technical Bulletin.

• The National Library of Medicine (NLM) lanceerde onlangs ook nog het NLM Drug Information Portal. Deze interessante portaalsite geeft uitgebreide en accurate informatie over geneesmiddelen, vanuit NLM-bronnen maar ook van andere Amerikaanse overheidsinstanties. De informatiebron is bestemd voor zowel het grote publiek, alle gezondheidswerkers, artsen en onderzoekers. De zoekinterface levert na het intikken van het geneesmiddel een overzicht van de resultaten uit de verschillende informatiebronnen van de NLM op die gerelateerd zijn aan geneesmiddelen (met o.m. MedlinePlus, AIDSinfo, Medline/PubMed, LactMed, HSDB, Dietary Supplements Labels Database, TOXLINE, DailyMed, ClinicalTrials.gov, PubChem, NIAID Anti-HIV/OI Database, ChemIDplus , Drugs@FDA, DEA, en USA.gov).

Read Full Post »

Google versus PubMed

To Google or not to Google, that’s not the question. Want iedereen doet het natuurlijk. Maar mag je je als wetenschapper, clinicus of student enkel beroepen op Google?

Google is een krachtige en snelle internet zoekmachine waar men voor de meeste ingetikte zoekvragen of zoekwoorden dikwijls heel veel (relevante) resultaten bekomt. Ideaal voor snelle opzoekingen of voor een zoektocht naar een welbepaald artikel. Maar onafgezien de hoeveelheid pagina’s die worden doorzocht – meer dan 8 miljard URLs en en een veelvoud aan pagina’s – kan Google, net als vele andere internet zoekmachines, natuurlijk niet het hele net afschuimen. Google gebruikt overigens voor de rangschikking van haar resultaten een ranking systeem (PageRank) dat in wezen gebaseerd is op populariteit en niet op relevantie of andere criteria. Verfijnd zoeken of het zoeken naar meer op clinical evidence gebaseerde informatie is schier onmogelijk in Google. Bovendien kunnen de beste resultaten uit Google soms diep verborgen zijn in de talrijke resultatenpagina’s waardoor men heel ver zou moeten scrollen..

Voor een meer accurate en beheersbare informatie kan een biomedisch wetenschapper of arts altijd beter een beroep doen op PubMed. Verfijnd zoeken naar artikels kan hier altijd met MeSH gebeuren of met de voorgeprogrammeerde zoekfilters van PubMed. Zo helpt de filter Clinical Queries op een snelle manier bij het opsporen van meer accurate artikels als antwoord op een klinische vraag (therapie, diagnose, etiologie, prognose) en is de filter ook gemakkelijk voor het opsporen van systematic reviews.

Naast Google heb je voorts natuurlijk ook nog de wetenschappelijke variant Google Scholar. Hier ligt de focus van de resultaten op wetenschappelijke informatie(bronnen). De ranking van de zoekresultaten gebeurt hier overigens niet op basis van PageRank maar vooral op basis van het aantal citaties uit andere wetenschappelijke artikels. Ook meegenomen is dat in Google Scholar – wanneer u surft via het via het K.U.Leuven netwerk – de link resolver LibriLinks kan gebruikt worden om eventueel de fulltext van een artikel te bekomen.

U zal in Google Scholar zeker ook PubMed referenties terugvinden. Maar let op: het is niet erg duidelijk hoe recent en volledig de updates vanuit PubMed zijn. Er is zeker een lacune van recente artikels! En ook hier geldt net als in Google dat de zoekmogelijkheden eerder beperkt zijn.

Besluit? Gebruik Google en Google Scholar steeds met de nodige omzichtigheid. Voor belangrijke beslissingen en searches (diagnose, therapie, evidence based medicine) is men veel beter weg met PubMed of andere medische databanken. Gebruik Google (Scholar) dus eerder als een supplementaire informatiebron maar nooit als een alternatief voor PubMed.

Voor deze bijdrage werd dankbaar gebruik gemaakt van de blogentries van Dean Giustini en David Rothman.

Read Full Post »

Wijzigingen in PubMed

Enkele weken geleden kondigde de NCBI wijzigingen aan in PubMed. De bèta versie van het programma is inmiddels geruisloos overgegaan in productiefase (en dit wordt nog gefaseerd voortgezet). Maar wat is er nu reeds gewijzigd?

• PubMed heeft een nieuwe URL
  Voor onze bibliotheek wordt dit:
  http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez/query.fcgi?holding=ibekullib_fft&myncbishare=leeszaal
  De links werden aangepast op de website van de bibliotheek en in de toolbar.
• De linkout knoppen van de Campusbibliotheek (MGAS) werden aangepast (verkleind).
  Het gevolg hiervan is dat de er voortaan minstens één knop bovenaan wordt getoond in het AbstractPlus formaat. In de regel is dat de knop “MGAS online”; indien er geen fulltext toegang is wordt de andere knop “MGAS on paper” getoond. Helaas kan er slechts één enkele knop bovenaan getoond worden (de tweede blijft dus onderaan de referentie of het abstract staan) .
  Een voorbeeld:

• De Send to Printer functie geeft geen pop-up venster meer maar wordt afgehandeld in een volledig browserscherm (waar je nu de “Go back” knop moet gebruiken om terug te keren).
• Elk scherm van PubMed heeft voortaan een eigen titel. Zo heeft een resultaatpagina van een referentie voortaan de titel van het artikel.

Andere kleine wijzigingen en meer details kan u altijd nalezen in het laatste nummer van het NLM Technical bulletin.

Read Full Post »

Happy birthday, MEDLINE!

Vandaag viert de National Libary of Medicine (NLM) de 35ste verjaardag van haar vlaggenschip MEDLINE. In 1879 werd er al door John Shaw Billings begonnen met de publicatie van de eerste medische bibliografie op papier, later Index Medicus genoemd. Hierin werd tot begin jaren ’90 nog lustig gebladerd in onze bibliotheek!
Sinds 1964 werd de Index Medicus met computers aangemaakt (MEDLARS). Hierbij een foto van de computerruimte begin jaren ’60…

Sinds 27 oktober 1971 wordt de Index Medicus online aangeboden: MEDLars + onLINE = MEDLINE. In onze bibliotheek werd er heel lange tijd gewerkt met de CDROM-versie van MEDLINE, aanvankelijk op stand-alone computers, half jaren ’90 op het bibliotheeknetwerk en later via de servers van de Universiteitsbibliotheek (waardoor iedereen toegang verkreeg vanuit zijn/haar labo of kantoor).
Vanaf het jaar 1993 begon het World Wide Web aan haar opgang en de NLM begon sinds januari 1996 MEDLINE aan te bieden via “Internet Grateful Med” wat later PubMed werd (sinds juni 1997 gratis). Dus ook PubMed viert dit jaar een 10-jarig jubileum.
Met dagelijks gemiddeld 3 miljoen opzoekingen in PubMed/MEDLINE en een meestal vlekkeloze werking van de databank kunnen we niet anders dan onze collega’s van de NLM hartelijk te feliciteren met deze verjaardag!

Read Full Post »

Veelvoorkomende zoekfouten

In het tijdschrift Journal of clinical epidemiology verscheen er onlangs een studie die de fouten blootlegt in de zoekstrategieën die gebruikt werden bij het opstellen van systematic reviews in de Cochrane Library. De resultaten zijn opmerkelijk omdat deze reviews doorgaans het resultaat zijn van gedegen voorbereiding door experts. De conclusies van het onderzoek zijn ook leerzaam voor zoekstrategieën in tal van andere zoekacties in databanken. De meest voorkomende zoekfouten bij zoekstrategieën zijn (in volgorde):

• gemiste MeSH termen (44.4%)
• ondoordacht gebruik van de automatische explosie van MeSH termen of vrije zoektermen (38.1%)
• het gebruik van irrelevante MeSH termen of vrije zoektermen (28.6%)
• het zoeken op tekstvelden en MeSH-trefwoorden werd niet apart uitgevoerd (20.6%)
• gemiste spellingsvarianten (20.6%)
• zoekstrategie werd niet aangepast voor andere databanken (20.6%)
• verkeerd gebruik van verbindingsoperatoren (AND, OR, NOT) (19.0%)
• verkeerd gebruik van truncatie (het gebruik van wildcards) (17.5%)
• spellingsfouten (14.3%)
• ontbrekende of overtollige zoekbegrippen
• het verbinden van de verkeerde (nummers van) zoeksets in de History (zoekgeschiedenis)

De auteurs van de studie wijzen op het belang om bij elke systematic review ook de zoekstrategie te publiceren en vragen om hierbij ook zeker aandacht te besteden bij peer review. Het volledige artikel vindt u in:
Sampson M, McGowan J.
Errors in search strategies were identified by type and frequency.
J Clin Epidemiol. 2006 Oct;59(10):1057-63.

Read Full Post »

askMEDLINE, BabelMeSh en PICO

Naast de gewone PubMED/MEDLINE interface probeert de U.S. National Library of Medicine tegemoet te komen aan andere manieren van zoeken in dezelfde databank.
Zo is er o.m. askMEDLINE een zoekinterface waarmee men PubMed/MEDLINE kan ondervragen door het gebruik van eenvoudige vrije tekst in natuurlijke taal. De taal moet wel het Engels zijn en er is een spelling checker ingebouwd.
Wil u een andere taal uitproberen (helaas geen Nederlands) dan bestaat er ook nog de optie voor BabelMeSH.
Met PICO Linguist kan u hetzelfde nog eens proberen maar dan met de PICO vraagstelling (= Patient, Intervention, Comparison, Outcome). Ook weer in dezelfde 10 talen. Deze PICO Linguist is een variante op de gewone PICO zoekinterface die overigens ook raadpleegbaar is met draagbare handhelds (pda, wap-telefoon,…).
Lees aandachtig de disclaimers van de verschillende zoekinterfaces en weet dat BabelMeSH en PICO Linguist in beta-fase verkeren, m.a.w. in testfase. Over de zoekresultaten uit askMEDLINE kan u een artikel lezen in BMC Medical informatics and decision making.

Read Full Post »

PubMed Wizard

BioWizard, een biomedische onderzoeksportaal, ontwikkelde met PubMed Wizard een tool om artikels uit PubMed een waarde toe te kennen (van 1 tot 10) en om discussies te voeren over de opgenomen artikels. Iedereen kan zich gratis registreren. Men kan de referenties niet enkel beoordelen maar ook bewaren en delen met anderen.

Read Full Post »